Der Abwasserbetrieb Troisdorf AöR ist für die Unterhaltung vieler Fließgewässer zuständig.
Dies umfasst eine Vielzahl an Aufgaben zur Gewässerpflege.
Die Vielzahl der Gewässer in Troisdorf wird von unterschiedlichen Akteuren betreut, je nach Gewässerrang oder Gewässereinzugsgebiet. Um die Sieg als Gewässer erster Ordnung zwischen Rheinmündung bis zur Landesgrenze kümmert sich die Bezirksregierung Köln, für die Agger und die der Agger zufließenden Bachläufe ist der Aggerverband zuständig. Die Stadt Troisdorf betreut alle stehenden Gewässer wie bspw. den Rotter See oder Teichanlagen in öffentlichen Bereichen. Alle anderen Fließgewässer sonstiger Ordnung im Troisdorfer Stadtgebiet werden von dem Abwasserbetrieb AöR unterhalten.
Die Bäche in Troisdorf sind für die Stadt und die Menschen von vielfältiger Bedeutung.
Sie entwässern die Landschaft, nehmen Regenwasser auf, das sie in Sieg, Agger und Rhein führen. Zugleich sind sie Naturraum, Lebensraum für Pflanzen und Tiere, Erholungsraum für Menschen und dienen wie im Fall des Sieglarer Mühlengrabens zur Kühlung von Industrieanlagen. Für den Abwasserbetrieb bedeutet dies, im Rahmen der Gewässerpflege ökologischen Zielsetzungen zu verfolgen, die eine Vielzahl von Aufgaben mit sich bringen.
Das fängt mit dem Ziel einer hohen Wasserqualität an, reicht über die Schaffung von hochwertigen Lebensräumen für Tiere und Pflanzen bis hin zum Hochwasserschutz durch die Gewährleistung der Fließgeschwindigkeit in den Gewässern.
Obwohl der Sieglarer Mühlengraben ein künstliches Fließgewässer ist, hat er unter den Bächen in Troisdorf die prägendste Wirkung und größte Bedeutung für das Stadtgebiet und benötigt daher auch den höchsten Pflegeaufwand.
Zudem ist das schon vor Jahrhunderten angelegte Flussbett in Teilen betoniert. So durchquert er im Oberlauf in einem geschlossenen Betonbett die Mannstadt-Werke und wird dort zur Kühlung in der Stahlverarbeitung genutzt. Das Gewässer wird von der Agger in Höhe der Mannstaedt-Werke abgeleitet, verläuft acht Kilometer parallel zur Sieg durch Friedrich-Wilhelms-Hütte, Sieglar, Eschmar und Müllekoven und mündet nach Durchquerung des Hochwasserschutzdeiches an der Siegfähre in die Sieg.
Der Mühlengraben gehört zu den Gewässern, die aufgrund ihrer Größe des Einzugsgebietes von der Europäischen Wasserrahmenrichtlinie (WRRL) erfasst werden, die im Jahr 2000 in Kraft trat. Die Richtlinie hat das Ziel bis spätestens 2027 einen guten ökologischen und chemischen Zustand der betroffenen Fließgewässer zu erreichen.
Für den künstlich angelegten Mühlengraben bedeutet das einen erheblichen Renaturierungs- und Pflegebedarf. Jedes Jahr werden erhebliche Mittel in die Pflege und ökologische Verbesserung des Mühlenbaches investiert.
Der Asselbach entspringt im Spicher Wald unterhalb der Deponieanlage. Während der Bach im Wald offen und naturnah verläuft, wird er zwischen der Waldstraße und der Straße Am Senkelsgraben verrohrt durch den Spicher Ortsteil geführt. Der sich anschließende offene Gewässerabschnitt wird als Ostgraben bezeichnet, der ab der Kölner Stadtgrenze - dann wiederum teilweise verrohrt - in den Rhein fließt.
Der Senkelsgraben verläuft parallel zum Ostgraben entlang der Straße Am Senkelsgraben, ist jedoch heute nur noch als dauerhaft trockengefallene offene Rinne vorhanden. Da er kein fließendes Wasser mehr führt, wurde auf Kölner Stadtgebiet die Aberkennung der Gewässereigenschaft beantragt.
Der Scheuerbach verläuft auf Troisdorfer Stadtgebiet im öffentlich nicht zugänglichen militärischen Bereich der Wahner Heide. Auf Kölner Stadtgebiet fließt er ab der Luftwaffenkaserne größtenteils verrohrt und mündet anschließend in den Rheinkanal I des Wasser- und Bodenverbandes Wahn
Der Scheuerbach ist weitestgehend ein Sandbach, der sich bis zu ca. 2 m unter das Niveau des umgebenden Geländes eingetieft hat oder zum Teil im Zusammenhang mit der Anlage von Entwässerungsgräben in der Wahner Heide eingetieft wurde.
Der Katzbach verläuft östlich des Gewerbegebiets Camp Spich im nicht öffentlichen Teil der Wahner Heide. Zu Zeiten der Belgischen Kaserne war der Bach zum großen Teil verrohrt. Im Zuge der Neuerschließung wurden die Rohre beseitigt und der Bach in einem neuen, naturnahen Bett um das Baugebiet herumgeführt. Die Renaturierung des Baches wurde 2017 abgeschlossen. Allerdings führt der Katzbach nur nach starken Regenfällen Wasser. Geringere Wassermengen versickern im Bachbett.
Der Heimbach entspringt in der Wahner Heide. Oberhalb des Leyenweihers trennen sich Heimbach und Leyenbach. Im weiteren Verlauf quert der Heimbach das Gelände des Waldfriedhofs bis auf den zentralen Teich in Rohren. Er mündet schließlich in den Burggraben der Burg Wissem. Bei zu hohen Wasserständen wird das Wasser von einer Pumpstation des Abwasserbetriebes Troisdorf über eine Druckleitung nach Norden Richtung Aggerstadion gefördert und dort in den Leyenbach eingeleitet.
Mitten im Troisdorfer Waldpark entspringt der Manzbach. Dort fließt er ca. 200 m in einem natürlichen und ökologisch wertvollen sandigen Bachbett. In der sich anschließenden Teichanlage im Waldpark sind die Uferbereiche künstlich mit Beton- und Rasengittersteinen eingefasst. Von dort aus fließt der Manzbach verrohrt über private Grundstücke mit weiteren Teichanlagen in Richtung Altenrather Straße bis zur Mündung in den Burggraben der Burg Wissem.
Der Annonisbach hat einen kurzen offenen Abschnitt nur noch auf dem Gelände der früheren Dynamit Nobel und wird dann in den Siegkanal abgeleitet. Der Bach hat deshalb keine Bedeutung als öffentliches Gewässer.